中国现代学科制度乃“援西入中”的产物，西方学术分科观念的传入与中国本土的接引都有高度的选择性，学科次第问题与本土对知识的需求与理解密不可分。近代中国整体的演化变迁，在学科的权势上也表现为某种转移。1922年6月，对于胡适提出的“好人主义”，常乃惪认为，部分是因为谈文化已经有些到头的意思，故而要出来谈，“已往的趋势是上山的，从工艺到法政，从法政到思想文艺，现在到了山顶以后便应当往下走了。我们现在只能走这的一步，过了这一步再走到工艺的一步，只有科学工艺是康庄大道”。从晚清最初在器物层面学习西方的“工艺”，到五四以后谈文化走到头而越来越强调“科学”，尤其是可以应用的“科学”，似乎又回到“工艺”的层面，具体的表现则是工科等实用学科日益受到重视。
20世纪30年代，大学的成长往往表现在实用学科的发展，比如清华大学、中央大学、浙江大学和武汉大学等国立大学的工学院建设均取得长足进步。与之适成对照的是北京大学，其基于清末京师大学堂作为国家学校系统顶端“最高学府”的定位，而具有某种超越性的关怀。初年蔡元培任校长后实行的改制，奠定了北大注重文理基础学科的传统。这一传统何时开始发生变化？调整与变革如何成为北大校内的共识，又如何变成增设院系的现实？上述问题，既往研究虽偶有涉及，但缺少一种贯通的梳理，故而对其中若干关节点的理解也不无偏颇。学界对近代学科体系的整体变迁或某一学科史的研究已有相当的积累，但大多未能落实到具体学校，亦未注意到政府导向与校际之间的竞争等外部环境的影响。本文主要利用当事人的日记、书信等个人文件，辅以报刊及校史资料，重建在学科权势转移的背景下，抗战时期北大校内危机意识的出现及其战后改革实践的历史过程，在此基础上揭示抗战复员对北平高等教育学科布局产生的深远影响。
蔡元培1917年接任北京大学校长职务后，决定实行改革。受德国现代大学理念的影响，蔡元培认为，大学之性质与以“学成任事”为目的之专门学校不同，“大学者，研究高深学问者也”，在此求学者不应有“做官发财”的思想，“须抱定宗旨，为求学而来”。蔡元培接受记者采访时强调，“大学乃研究学术之机关。进大学者，乃为终其身于讲学事业，学生如此，教授亦如此，教授须一面教人一面自家研究也，因此之故，拟竭力办理文理两科，完全其科目，因此两科乃法、工、农、医诸科原理原则所由出，而入是两科者，又大抵为纯粹讲学而来，既不想做官，亦不想办大实业也”。蔡元培认为当时学界的一大弊病即“重术而轻学”，“学与术虽关系至为密切，而习之者旨趋不同”，文、理是“学”，而法、商、医、工为“术”，“治学者可谓之‘大学’，治术者可谓之‘高等专门学校’”。
北京大学原有文、理、法、工、商等科，蔡元培接掌后进行的改革，首先强调大学为学问而学问的定位，其次打算只办文、理两科，停办法科、工科、商科。对大学的重新定位是进行学科改制的内在驱动力。蔡元培在1917年1月的国立高等学校校务讨论会上，正式提出“学、术分校”的主张，称由于“文、理二科，专属学理”，“其他各科，偏重致用”，故当分立；“大学专设文、理二科，其法、医、农、工、商五科，别为独立之大学”，或与既存专科大学合并。
在蔡元培的建议和推动下，1917年北京政府教育部对北京大学和天津的北洋大学进行学科调整，北洋大学专办工科，该校的法科并入北京大学，北京大学的工科并入北洋大学，商科并入法科。蔡元培的大学理念与改革实践奠定了后来京（平）津高等教育整体的学科布局与分工，影响至为深远。据李书华回忆，“十一年九月我初到北大任教。彼时北京有八个国立学校，简称‘国立八校’，即：北京大学（北大），北京高等师范学校（高师），北京女子高等师范学校（女高师），北京法政专门学校（法专），北京农业专门学校（农专），北京工业专门学校（工专），北京医学专门学校（医专），北京美术专门学校（美专）”。1922年以后，各专门学校先后升格为单科大学。1925年8月又增设国立北京女子大学，北京的“国立八校”变为“国立九校”。京津地区的国立大学，除北京大学以文理科为主外，其他大学基本上都是单科大学。
蔡元培的方案在当时也有反对的意见，比如《太平洋》杂志记者周春岳就提出，“通常大学，专设文、理二科，以外各科，别为独立大学。果为良制乎？吾亦不能无疑。西文之大学（University），原意为教授高等学术各科之综合体。故言大学，即联想分科。分科无定，多多益善，大规模的集合组织，与分工之原则，相辅而行，现代文明社会之特征也。欧美各邦大学，罕见限于文、理二科。单科大学，其例也绝鲜。德国之各项高等专门学校，亦难引为例证。其程度即令与大学分科相当，彼究未正式居大学之名也。日本学界久有单科大学之运动，然其议亦罕见采行（以予之所知，则至今仅有大阪高等医学校，改为独立医科大学之一例）。今吾国大学改革之案，不以文、理二科之设，视为大学设备之最小限度，而定为大学分科之极限。不以承认有单科大学之例外为足，而定单科大学为通则。不诚过犹不及哉？各科学术，原有联贯。一综合体之中，各科同授，便利殊多。譬如文科与法科，法科与商科，工科与理科，理科与医科、农科，学术有密切之关系。综合则百般便于共通，独单则各须别为设备。是不仅原则上于高等学术研究之利便有关，即行政经费之实际问题，亦大有差异也。”
蔡元培的改革，使北大偏重文、理科，法科虽未停办，但因其属于“应用之学”，不免受到贬抑或忽视。因理科人才不易得，蔡元培时代，北大理科的发展实际也不突出，主要还是以文科名世。陈独秀1920年曾说过，蔡元培执掌北大后，“理科方面并不比从前发展，文科方面号称发展一点，其实也是假的，因为没有基础学的缘故”。胡适请当时在美国为四川筹建钢铁厂采购设备的任鸿隽和留美学生监督处朱经农在海外帮北大物色新人，但他们反馈的意见，都有对北大偏重文科的不满。1919年11月，任鸿隽在给胡适的信中提到，“你们尽管收罗文学、哲学的人才，那科学方面（物理、化学、生物等学）则不见有扩充的影响，难道大学的宗旨，还是有了精致的玄谈和火荼的文学，就算了事么？”朱经农也提到，在当时的留美学界，很多留学生认为北大是“专重文科，把理工科看作无关紧要”，以致有“代表全国的国立大学，除了文科之外，一无特长”的讥讽。不过，作为蔡元培改革的遗产，北京大学的定位与学科布局在相当长时间内未发生大的变化。
南京国民政府建立后实行的大学区制改革，导致北平高等教育院系格局出现大幅变动。1928年8月16日，国民政府大学委员会通过决议，设立北平大学区。根据国民政府颁布的《北平大学区组织大纲》规定，“平津保三城相距甚近，而固有之高等教育机关，为公家所设立者，有北平国立九校，天津之北洋大学、天津工业专门、法政专门，保定之河北大学。三城有同类之学校，各校有同类之课程，重复之处，在在皆是。本草案对大学本部之组织，避免各学院课程之重复，以学术独立课程，错综平均发展，互相联合为原则，一方力求合理，一方兼顾事实”。据此，北平、天津和保定三地的国立大学合并，被命名为“北平大学”，下设文学院、理学院、法学院、工学院、农学院、医学院、艺术学院、师范学院、文理预科等。
不过，大学区制改革不到一年即被取消。1929年6月17日，三届二中全会第四次会议决议停办大学区。在6月25日的行政院会议上，教育部部长蒋梦麟称，浙江大学区及北平大学区将于当年暑假停办。北平大学区停办后，北京大学、北平师范大学相继恢复独立，其他各校合并组成北平大学。如时论所言：“北京大学亦获存留，仅将工、法、医各专校并而为一，称北平大学，形成分疆而治之势。”对这段历史，李书华曾总结称，“清末京师大学堂规模很大，后演成为北京国立八校或九校时，是由合而分。北大仅有文、理、法三部分，为规模最小的时代，然贡献却很大。北平大学区时代的国立北平大学，则合北京国立九校与天津北洋大学为一个大学，是由分而合，为规模最大的时代。大学区制撤消后，国立北平大学又分为北大、师大、平大与北洋四个大学，是又由合而分了。这是三十年间北方国立高等教育机关分合的经过情形”。此后，北京大学继续保持文、理、法三院的格局，与北平师范大学、北平大学在学科上形成差异，继续保持其注重纯粹学问的传统。
蔡元培的改革旨在突出大学“重学轻术”的导向，为的是革除科举时代学生求学以升官发财为目的的遗毒，澄清风气，认为有文、理二科并设者可称大学。不过，南京国民政府时期，教育部颁布的《大学规程》规定：大学至少须有三个学院，“并遵照中华教育宗旨及其实施方针，大学教育注重实用科学之原则，必须包含理学院或农工医各学院之一”。大学区制废止后，由于北洋大学仅余工科，不符合新的大学标准，故于1929年7月改名为“北洋工学院”。北京大学因文、理科之外还有法科，否则若按照蔡元培的改革方案彻底实行，也会被要求改名。《大学规程》对大学综合性和实用性的标准，与上节周春岳的意见颇为相似。
作为战前北京大学复兴的中心人物之一，胡适的大学理念与蔡元培完全一致。1937年4月，翁文灏在致胡适信中提到工科的重要性，“即此小规模的工程发展，中国工业人才已大感不足，现在学工程者殆无一人失业，尤以土木工程销路最广。……中国绝少专门人才，过去者已大后时，新来者未见其人，此诚为中国教育之一大问题。教育如不能供给国家所需要的人才，则教育为虚设”。胡适不同意翁文灏的意见，称“关于人才之教育，诚如尊论，国家教育应供给国家所需要之人才。但解释‘国家需要’，亦不宜太狭。国立机关如北大，如中基会，似仍宜继续为国家打长久算盘，注重国家的基本需要，不必亟亟图谋适应眼前的需要。现在学工程者已无一人失业，而工程师待遇又已骤增，将来社会风气自然会走向这方面去……此一方面已不待我们的提倡。我们所应提倡的，似仍在社会不注意的纯粹理论科学及领袖人才的方面。社会一时找不出炼钢炼铜的人才，还可以暂时借用客卿。此时我所焦虑的是：兴学五十年，至今无一个权威学者，无一个官，无一个法理学家，无一个思想家，岂不可虑？兴学五十年，至今无一部可读的本国通史，岂不更可焦虑？在纯粹科学方面，近年稍有生色，但人才实尚甚缺乏，成绩更谈不到。故我以为中央研究院、北大、中基会一类的机关此时还应该继续注重为国家培养基本需要的人才，不必赶在人前面去求眼前的‘实用’”。
然而，在政府导向与社会需求的双重驱动下，20世纪30年代大学的成长往往体现在工科的发展上，比如清华大学、中央大学、浙江大学和武汉大学。全面抗战前十年，教育部不断调整、扩充理工农医等实科，同时整顿和裁减文法科。全面抗战时期，文、理两科在专科以上学校中的权重进一步降低。据大夏大学校长欧元怀的观察，受政府影响，1936—1945年工科的学生“增加了一倍半，法科商科增加了一倍，农科增加了二倍，教育和师范两院科合计也增加了一倍半，这完全是抗战的需要。各种工厂增加了，工科学生出路好，政府增设农林部，征实增产，都是产业要政，银行企业林立，经济人才需要激增，同时政府采取了师范国营的方针，大量设立公费的师范学院，这就是农、工、法、医、师五院科人数增加的理由。反过来看，文、理两科，十年来的学生数，只各增一千人左右，简直渺小得可怜”。从各科学生数在各年度所占的百分比来看，文科与理科都大幅下降，出现“语文史艺的不受重视与纯粹科学的无人问津”。
近代以来，国人对科学与技术关系的认识发生了根本的变化。从科学史的发展历程来看，18世纪之前的发明更多来自实践工艺的经验，科学与技术的关系尚不密切，而此后则更多依赖当时的科学发展。科学的发展和传播使工程师具备新式思维和实验技术，对发明来说相当关键。纯粹科学与应用学科的相互促进及其在大学中的并置，逐渐成为高等教育界的共识，单科大学存在的合理性逐步减弱，大学日益追求多学科的综合性。
全面抗战时期，北京大学、清华大学、南开大学合组西南联合大学，其分办合作的体制，使三者之间存在无形的竞争。在学科组织上，清华大学的院系较为完。
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